在熒光顯微鏡紫外光的照射下觀察的玻片標(biāo)本，一種是自發(fā)熒光的如葉綠素、血紅素等；另一種誘發(fā)熒光，是經(jīng)過熒光染料的染色后，紫外照射發(fā)出熒光的。因此，熒光顯微鏡常與免疫組織化學(xué)和切片技術(shù)相互結(jié)合應(yīng)用于科研、檢驗(yàn)等多個領(lǐng)域。
1、熒光顯微鏡的成像原理:
（1）首先熒光顯微鏡使用的光源能夠發(fā)出強(qiáng)烈的紫外線，經(jīng)過激發(fā)濾色鏡，過濾掉一部分光源當(dāng)中的可見光。
（2）接著通過聚光鏡將紫外光聚焦于樣品，誘發(fā)樣品上的熒光物質(zhì)發(fā)射熒光。
（3）最后經(jīng)過物鏡后的阻斷濾色鏡，阻止所有的紫外線通過，只允許通過誘發(fā)的熒光通過。
2、熒光顯微鏡的不同類型和基本結(jié)構(gòu)
（1）熒光顯微鏡的兩種不同類型：
透射式熒光顯微鏡，它和普通光學(xué)顯微鏡類似，光源是從鏡座出發(fā)經(jīng)過聚光鏡到達(dá)樣品激發(fā)熒光后通過物鏡，最后到達(dá)目鏡。
另一種是最常見的落射式顯微鏡，大部分的熒光顯微鏡也是采用這種類型。它的光源是通過物鏡落到樣品上，激發(fā)熒光以后再發(fā)射回物鏡，最后到達(dá)目鏡。
不論是透射式的熒光顯微鏡還是落射式的，它們的光源都要經(jīng)過激發(fā)濾色鏡過，濾掉一部分的可見光。激發(fā)樣品發(fā)出熒光后，還要經(jīng)過阻斷濾色鏡，過濾掉一部分多余的激發(fā)光。最終，這使得我們觀察到的是熒光物質(zhì)染色部分所發(fā)出的熒光。
（2）熒光顯微鏡的基本結(jié)構(gòu)：
光源：超高壓汞燈（Mercury lampe），可以產(chǎn)生強(qiáng)光照，含有大量的紫外光和藍(lán)紫光。
濾片系統(tǒng)。熒光顯微鏡也有鹵素?zé)簦℉alogen）提供自然光源，具有和普通光學(xué)顯微鏡相同的功能。
激發(fā)濾色鏡(Exciter filter)：過濾光源中一部分可見，提供一定波長的激發(fā)光。
阻斷濾色鏡(Emission filter)：透過相應(yīng)波長范圍的熒光，阻斷或者吸收剩余的激發(fā)光。
二向分色鏡(Dichroic mirror)：透過長波光線和反射短波光線的功能
孔徑光闌(Condenser Aperture diaphragm A)：孔徑光闌是決定顯微鏡像的分辨力和反差的重要光學(xué)部件之一
視場光闌（Field diaphragm F）：視場光闌的作用是控制標(biāo)本照明區(qū)域的大小，阻止對于像的形成所不需要的光線進(jìn)入標(biāo)本。
激發(fā)光轉(zhuǎn)換器：又稱鏡臂旋轉(zhuǎn)臺，旋轉(zhuǎn)臺為一個圓盤形的結(jié)構(gòu)，上面有5個定位標(biāo)志：U、V、B、G分別代表不同的熒光激發(fā)方法以及不同的濾色鏡組合。
熒光顯微鏡分為落射式和透射式的，一般市場上常見的是落射式的，透射式是比較老式的了。